У кого есть опыт репатриации в Израиль, подскажите, на дедушку надо предоставлять свидетельство о смерти и справку к нему, где будет указано, что еврей?

Недостаточно. Вам вообще нужны документы по прабабушке, без них смотреть ничего не будут.

На дедушку конечно надо всё. Вообще спрашивают документы на первую женщину еврейку, у вас это получается про бабушка как я понимаю. Документов только вашего отца не достаточно даже для просто рассмотрения.