Был ли у кого-нибудь опыт, чтоб купили стыковочный рейс, зарегистрировались на оба полёта, но вторым рейсом не воспользовались по своему желанию? Хочу узнать, не наказуемо ли это со стороны авиакомпании.

Они будут счастливы. Ибо на популярные направления продают чуть больше билетов чем есть мест так как многие самовольно отказываются от полёта. Но есть случаи когда тариф на 2 перелёта дешевле чем на один и некоторые авиакомпании пытались за это ввести штраф но по моему безуспешно.

Никак не наказуемо это. Только если вы в то же бронирование не брали обратный билет - он тогда вроде аннулируется.