Подскажите пожалуйста, можно ли пересечь границу в Кибартае автобусом? Есть ли вообще прямое сообщение Каунас - Калининград или только с пересадками?

С пересадками. Но вам проще доехать до Кибартая, перейти границу и сесть на автобус до Калиниграда. Это на самом деле не сложно)) Автобус есть Ecoline, билет 38 евро Каунас - Калиниград, но он идет два раза в неделю и 17 часов(с пересадкой)

Поищите автовокзал Калининград, посмотрите текущее расписание.