После получения визы Израиля репатрианта обязательно лететь через сохнут или можно самостоятельно прилететь в Тель-Авив и на месте все в аэропорту решить ?

Необязательно, но дороже.

Нет разницы, но сохнут оплачивает проезд в аэропорт в Москве, авиабилет, дополнительные 2 чемодана в багаже.

Наверно для ускорения процессов можно позвонить им и предупредить, когда и как вы самостоятельно прилетите Мы летели с помощью Сохнута, нас встретили в аэропорту, и минут за 30-40 мы закончили все формальности При этом с нами получала документы пожилая пара, которые прилетели сами, их держали дольше, задавали больше вопросов. Мы пришли - они уже там сидели, мы уходили - они еще там сидели.