Такой вопрос: в программе прибывания написано что улетаю из Японии 3 сентября. Мне обязательно билеты на 3 теперь покупать? Или могу все 90 дней захватить? Кто нибудь это проверяет?

Формально вы можете находиться столько дней, на сколько вам дали визу.

Программа пребывания нужна только на этапе подачи документов на визу. Дальше никого не интересует. Вылететь нужно до окончания визы.

Можно! Мы меняли билеты !