Подскажите, хочу попробовать съездить из Штутгарта в Бельгию на Flixbus, паспорта с национальной визой D будет достаточно? На ВНЖ не успел податься еще. На границе ничего не проверяют?

Да, достаточно. Границ как таковых нет, но могут быть патрули на границе, особенно часто на въезде в Германию встречала. Там просто полицейский заходит в автобус и проверяет паспорта и визы Ничего страшного нет, у меня например даже один раз попался в автобусе украинец, который думал что ему можно после трех месяцев проживания в ЕС ездить по ЕС дальше, и у которого ещё не было на руках внж. Даже в таком cлучае все норм, полиция просто запросила по паспорту данные о человеке, проверили что он такой есть и пустили обратно в Германию.