Какой порядок расчета 90дней безвизого режима в Казахстане? За этим следят?

Миграционная и пограничники следят.

Конечно следят. За нарушение срока пребывания есть разные уровни ответственности. Точное количество дней не помню, но сначала предупреждение, потом штраф, а потом самое суровое - суд с большим штрафом в итоге и возможностью выдворения из страны с запретом на въезд.