Сотрудничаю с маркетплейсами в Португалии, у них стандартный договор, где нет пункта про удаленную работу Могу я, как ИП в РФ написать сам себе справку, что работаю удаленно?

Насколько я понимаю, такое уточнение нужно только для договора по ТК РФ. Как ИП вы можете вести свою деятельность как угодно, контрагенты не могут вам сказать как точно это делать.