Планирую лететь на Кипр по делам на неделю с внж ес, потом из северной части вылетать в Анталию, могут быть какие-то проблемы? Видел, что надо, чтобы печать поставили по выезду из южной части. Но в целом проблем не вижу.

Никаких печатей на наземных переходах греки не ставят , только проверяют документы на возможность прохода. Кстати сказать , для получения визы или внж на греческую часть потом - это действительно проблемой будет . Для внж других стран ЕС - вряд ли.