Почему при покупке билета по маршруту кейп-Йоханнесбург-Дубай-мск. В Йоханнесбург нужно заново получать и сдавать багаж?

Да. Я так летела.

Обязательно нужно. Так как границу переходите в Йоханесбурге.

Не только граница. Скорее всего кейп-джобург вы летите местными авиалиниями, международные по Юар не летают, они только в конечные города, а в билете у вас кодшеринг. Поэтому вы меняете авиакомпанию как минимум. Ну и таможня да, так как сначала Локал а потом Интернейшнл.