Подскажите, если заехал в Алмату в январе (до 27 числа) и недавно выехал, то можно снова вернуться в Казахстан на 90 дней?

Да, судя по последним ответам КНБ и МВД.

Срок пребывания не обнулится, в любом случае в каждое полугодие Вы можете находиться максимум 90 суток, т. е. 3 месяца. По окончании 3 месяцев выезжаете обратно и чтобы уже снова вернуться в Казахстан, необходимо будет 1 квартал, т. е. 3 месяца быть на Родине.

Если въехали до 27 января, и больше не выезжали, то можете выехать и заехать уже по новым правилам, и тогда уже будет действовать правильно 90/180.