Подскажите, если заехал в Алмату 12 января, и выехал, то можно сново вернуться в Казахстан на 90 дней?

Да.

Смотрите, все просто. россияне могут находиться в РК не более чем 90 дней в течение 180 без рвп или внж. Это означает, что если вы въехали 12 января, а выехали, например, на днях, то вам нужно будет возвращаться в Казахстан не раньше, чем через три месяца, иначе в лучшем случае легальный срок составит пару-тройку дней (если при выезде 90 дней не истекли полностью).