Если я гражданин ЕС и у меня только Civil Union с супругой, то нужен ли ей шенген? Я подозреваю, что если другая страна признает Civil Inion, то проблем во въезде быть не должно? Или шенген не нужен только при наличии стандартного брака?

Думаю если у нее вид на жительство в категории спаус, то можно и рискнуть и полететь вместе без визы на основании директивы (Article 5(4) of the Directive 2004/38), не все страны признают civil union как marriage Но если есть время сделать визу - лучше всегда делать, тем более что виза для супругов ЕС бесплатная.