Кто-нибудь знает, что в договоре с банком означает matični broj? И может ли он отличаться от номера боровака?

Вообще matčni broj это набор цифр, который каждый гражданин страны получает при рождении, ну или при получении гражданства. Поэтому скорее всего Вы эту графу не заполняете.