Подскажите, пожалуйста, По номадской визе в Португалию учитывается только доход, который ты получаешь от работодателя? или можно туда добавить доход от аренды квартиры, например?

Только активный доход, к коим аренда не относится.

Скорее нет. Но вообще это сложный вопрос. Например здесь в Португалии сдача квартиры через airbnb считается предпринимательской деятельностью. Поэтому если очень нужно, то наверно можно попробовать повертеться.