а если ехать на поезде и сойти в Кяне, там штамп о выезде / въезде где то ставят? Хочу понять насколько легален этот путь с точки зрения российского закона.

Естественно ставят)) в паспорте)) полностью легальный путь. С чего вы взяли, что он нелегален?

Штамп ставит литовский пограничник в вагоне) И после штампа разрешает свободно передвигаться по Шенгену. А в чем по-вашему нелегальность?

Если у вас виза с, из поезда никто не выпустит.