подскажите пожалуйста, мы будем выезжать между кп и МВД, обратно нужно через натив заходить? Заранее спасибо за ответ .

Не получится, меня консул заставил идти через пограничников.

Как минимум попробовать нужно через натив. И лучше в рабочее время, потому что днём в аэропорту дежурят люди с доступом к базе данных натива, в которой будет видно, что вы уже прошли КП.