Подскажите, если въехал в Болгарию по национальной визе С и она заканчивается, но есть в этом же паспорте действующий шенген перекрывающий дни поездки не возникнет потом вопросов при выезде из Болгарии у погранцов?

Заехать и выехать вы можете в рамках одной и той же визы.

Вы должны выехать по той же визе, по которой заехали.

По какой визе въехали, по той и нужно выезжать. Не могу сослаться на документы, не помню, где смотрела, но уверена, что именно так.