Скажите если виза Франции на 5 лет, а внутри 5 лет внж Эстонии на год, то можно по окончанию внж въезжать в Эстонию по визе?

Если ВНЖ закончился, и Вы его не продлили, то возможно. Но когда у Вас на руках два документа одновременно, я бы точно показывала пограничникам более актуальный, а то доказывай потом, что я не вводила их в заблуждение.