Подскажите пожалуйста, какой самый бюджетный способ добраться из Киото в Токио? Как их можно оплатить?

Если у вас есть карта юнионпей, должно получиться оплатить

С Осаки до Токио ходит автобус цена вопроса в зависимости от дня недели от 3900 до 5200 тыс йен автобус прикольный двухэтажный, билеты можно в автомате где автобусная касса купить ) ну с Киото до Осаки минут 40 вроде на электричке.

Погуляйте лучше по Осаке. Там не хуже, чем а Киото) А лучше и там, и там. Билеты на ночные автобусы можно найти и купить в кассах или онлайн. Но сайты перевозчиков могут не открываться за пределами Японии, так что VPN в помощь. Я штук 5 точно находил способов по разным ценам. Потом просто бросил искать. Некоторые маршруты с ценами, но не все, можно найти по гугл картам, если вбить ночное время отправления. Но рекомендую раскошелиться на Синкансэн. Это дорого (около $112 билет), но оно того стоит.