Как на Нуса Пениду лучше всего съездить, туром, или самостоятельно?

Самостоятельно конечно.

Все зависит от желания самим изобретать велосипед. Если не хочется, то туром - в них собраны основные локации и рассчитан тайминг. Ну и цена туров у нормальных агенств не сильно выше, а иногда и ниже, чем вы сами сможете все купить / арендовать.