Открыли ТОО, теперь арендуем жилье. При подаче заявления на РВП требуют предоставить нотариально заверенный договор аренды.

Подавайте через егов, там договор не нужен.

Есть такая поправка, но в ней речь о согласии, а не о договоре. В Вашем случае только электронная подача, имхо. Иной раз по 5-6 раз одно и то же подают, и после 5 отказов одобрение...

В частности, в правила внесено дополнение о том, что при оказании государственной услуги необходимо личное присутствие собственника жилища, используемого для временного проживания иностранца, либо поверенного лица по нотариально заверенной доверенности на осуществление действий, предусмотренных полномочиями. Т. е. поверенный с доверенностью тоже может присутствовать