А на каком основании старый загранпаспорт забирают или тем более уничтожают, если разрешено иметь два загранпаспорта в Германии?

Старый не забирают. Вам при выдаче нового в старом ставят отметку, что он недействительный, обрезают угол на странице с фото и отдают назад. Но пользоватся им уже не подучится, ведь у вас есть новый.

Второй паспорт может быть только биометрическим, если выпускать обычный, то первый независимо от его типа аннулируется - кейс 1, вы не указали, что нужен второй паспорт как дополнительный - кейс №2.