Жду ответа по заявке на ВНЖ, если откажут, думаю остаться нелегалом месяца на 3) В случае нарушения миграционных ограничений, можно ли податься на ВНЖ спустя, например, год. Или ваше личное дело испорчено навсегда?

Это зависит, какое наказание вам выдадут на погранконтроле при выезде. Если только штраф и вы его оплатите, то можно въехать обратно когда появятся безвизовые дни и подать на внж. Если поставят штраф и депорт, то возвращение будет зависеть от срока депорта. В любом случае при повторной подаче на внж по тому же основанию должно пройти не менее 6 месяцев. Если вы через 6 месяцев сможете въехать в страну легально то без проблем подавайтесь ещё раз.