Подскажите, мне нужно из Франции вернуться в Санкт-Петербург. Разрешают ли через Эстонию, Финляндию, Латвию вернуться? Могут ли аннулировать финскую 5 лет при возвращении?

Въезд россиян в страны Прибалтики ограничен только через внешние границы. Если Вы уже находитесь в Шенгенской зоне на законных основаниях, то можете въехать и в Эстонию, и в Финляндию, и в Латвию. И выехать из этих стран в Россию тоже можете. Визу аннулировать никто не будет, т. к. путешествуя таким маршрутом Вы ничего не нарушаете.

Возвращаться можете через любую страну, вопросов не будет. Визу не аннулируют.