Подскажите пожалуйста, сможем ли мы уехать в Иерусалим и приехать обратно в Тель-Авив на общественном транспорте в пятницу? Или в шаббат с общественным транспортом могут быть проблемы?

Только равкав надо на день зарядить.

В шабат могут быть проблемы, да.

Надо узнать вам до скольки работает транспорт и успеть до шаббата.

Посмотрите расписание поездов и всё поймёте.

Можно в гуглокартах маршрут построить и указать время отправления завтра.

Проблемы это вы мягко выразились. Примерно 2 дня не уедете - будете там ночевать на улице до позднего вечера субботы. А в Иерусалиме холодно. Ну или такси по цене примерно годового ВВП Буркина-Фасо.