Есть ли у кого-то случаи из недавней практики, пропускают ли сейчас граждан РФ (пенсионеров) с визой D к родственникам с временным ВНЖ в Эстонии?

Нет. Не пропускают.

В конце сентября жена с дочкой с визами Д приехали. На границе предъявили копию моего ID и адрес прописки моей. Но это касается прямых родственников только вроде.