Скажите пожалуйста, если подаешь во французское консульство паспорт для визы Д, а там уже стоит турвиза С на 5 лет, ее аннулируют в консульстве?

Не аннулируют, это 2 разных типа визы.

Нет ее не будут аннулировать, но она по большому счету потом и не нужна. Вы будете пользоваться D, это и долгосрочное пребывание в стране, которая выдала, и 90/180 в Шенгене. У вас кстати какой тип визы D? У меня был случай, когда на паспортном контроле штамп поставили, где открыли, а это была действующая С, и D не искали, но там было много штампов.