Подскажите пожалуйста, у меня туристическая виза в Индию на 1 год. Через 90 дней мне надо выехать и въехать снова, я могу это сделать через Непал, с прибытием в нем 1-2 дня по транзитной визе Непала?

Ну да, так и делают)

Вы можете остаться на 90 дней, а иногда и на 180 дней, но это зависит от вашего гражданства, поэтому лучше проверить на официальном веб-сайте, но после того, как вы покинете Индию, должен пройти 30-дневный промежуток, прежде чем вы сможете снова въехать в Индию.