а как литовские власти могут запретить мне въезд в Литву, если я получаю Шенген в другой стране? Ведь границ же нет внутри шенгенской зоны.

Они просто аннулируют визу если вы вьезжаете через Беларусь или рф.

Если шенген вам, допустим, поставила Португалия, то влетев, въехав, приплыв в Португалию, дальше вы можете внутри шенгенской зоны ехать куда угодно. В т. ч. в Литву. А вот сразу в Литву, учитывая современные реальности вас могут и не пустить.