Билет Вильнюс-Стамбул-Валенсия и обратно так же. Билет единый. В Стамбуле вторая пересадка ночью , буду в транзитной зоне. Пустят литовцы?

Если к ним прилетите по воздуху, то пустят.

Вы в Испании на вылете пройдете пограничный контроль , и покините зону Шенгена, дальше у Вас должны быть основания, чтобы заново въехать в Шенгенскую зону через Литву. Есть риск, что не посадят на самолёт в Турции. Рассмотрите вариант вернуться в Литву не покидая зону Шенгена, тогда все ок.

Вообще речь идет о границе с РФ и РБ, на самолете из Турции должны пустить “Это также вопрос морального и политического характера, и я думаю, что на данный момент страны Балтии достигли принципиального соглашения – мы дорабатываем детали – о политике ограничения въезда через российско-латвийскую, белорусско-латвийскую, литовско-российскую и [литовско-] Белорусской, а также эстонско-российской границы российских граждан”.