Подскажите, пожалуйста,(если кто в курсе) возникнут ли у меня проблемы при получении студвизы, если я уже имею магистерскую степень по архитектуре в России, а хочу учиться на Master in Business в Австралии?

Вы можете не указывать свою магистерскую степень при поступлении.

Ну если есть понимание с какой рациональной целью и это логично будет объяснено, то почему должны быть проблемы?

Ну по идее не должно - это ж другой профиль, просто должно быть обоснование в gte и sop логичное и реалистичное, а вообще по таким нюансам лучше проконсультироваться с агентами у которых студвизы на потоке, думаю, ситуация не уникальная.