Если трансфер из отеля до Мале откладывают, и я пропускаю рейс на Аэрофлот, то что тогда?

Если туром брали, то теоретически могут поменять рейс (были случаи), а так это форс-мажор, придется самим новые билеты брать.

Покупаете новые билеты или если тариф позволяет - перебронируете. Если билеты были блочные от туроператора- это проблема его. Если из прямой продажи то ваша.