Подскажите, Дни в Болгарии по визе Шенген считаются отдельно от дней нахождения в зоне Шенгена?

Да, в теории - правы. В практике некоторые утверждают, что всё чуть сложнее, и прецеденты есть, что были проблемы. Ещё, насколько я знаю, эту коллизию собирались закрыть, но пока не успели.

Вы прав. У меня шенген и я провела 3мес в Германии и три недели назад прилетела в Болгарию. Вопросов не было.