Будут ли проблемы, если мы полетим в Армению по загран паспортам, а не паспортам РФ?

Без разницы.

Это не имеет значения Если только транзитом летите и жить будете в гостинице в рф где то надо паспорта рф с собой. По закону могут не посилить по загран паспорту. У меня такое было в ибисе в Москве.