какие налоги и какой процент платит работодатель за иностранного работника , не налогового резидента Казахстана, при нахождении внутри страны менее 183 дней. В этом случае работник освобождается от налогов или все же удерживается ипн 20%?

С чего бы освобождался от налогов? Нерезиденты платят всегда больше.

Насколько понимаю эта норма к отношениям РК и РФ не применима и регулируется отдельным договором Потому что налоги нельзя платить дважды.

10% удержит работодатель в KZ, 3% надо будет заплатить в RU по 3НДФЛ в следующем году. На круг те же 13%, что и в RU.