Я въезжаю в Португалию по шенгену, открываю ИП. Через какое время я должна подать доки в SEF на ВНЖ?

Перед открытием ИП есть целая цепочка действий – NIF, счет в банке (с которым сейчас во многом проблемы)

Вы находитесь в статусе ходатая на ВНЖ, покидать Португалию запрещено (в целом по ЕС можно ездить), визу продлевать / получать не надо. Должны быть действуящая виза на момент подачи, конечно.

Записывайтесь сразу после открытия. За время ожидания у вас появятся и обороты, и налоговая отчётность.