Люксы от Балтикшатл сильно отличаются по комфорту и что лучше? Никогда не ездила на этих автобусах.

Отличаются.

Люксы сильно комфортнее.

Существенное отличие Балтик Шатла от Люкс - там официально разрешена перевозка домашних животных в переносках. Я лично этот подход поддерживаю (по факту - единственный крупный автобусный перевозчик, берущий небольших животных). Но есть и оборотная сторона - аллергикам на шерсть животных не рекомендую ехать на этом автобусе (в марте иногда он выглядел как Ковчег спасающихся перед Потопом, "каждой твари по паре").. Плюс немного дольше проходит границу так как идет прохождение ветконтролей на обоих погрантерминалах - российском и эстонском. Но существенный плюс - сразу везут через спа-отели Нарва-Йыэссу и Тойла (удобно тем кто туда ориентиррван).