Подскажите пожалуйста, находясь не в россии до 6 месяцев, но работая на компанию в РФ, по догоаору гпх, но при этом не являясь самозанятой, кто должен платить налог я или работодатель?

По договорам гнх налоговым агентом будет ваш заказчик, он и должен удержать с вас ндфл и перечислить в бюджет. Если вы не сообщите о вашем налоговом статусе (что уже не резидент) и с вас удержат по ставке 13% и далее выяснится это, то как сказал выше Евгений вам доначислят ндфл по 30%. Заказчик обязан в течении месяца с даты обнаружения данном факта сообщить в фнс чтобы себя обезопасить от штрафа. А вам прилетит недоимка.

Как только станете нерезидентом, будет пересчитан налог (там вроде 30%), то есть разницу придется заплатить и за предыдущие месяцы, которые вам насчитывали как резиденту.