А кто-нибудь в курсе: если я влетала в Армению по заграннику, а обратно хочу полететь по российскому паспорту, в этом есть какая-то проблема или без разницы?

Ну вообще нужно выезжать и въезжать по одному и тому же документу. Вы можете вылететь из России по внутреннему, а в Армении предьявить заграннмк.

Нет проблем, просто могут попросить второй паспорт.