Можно ли прилететь в Стамбул с двумя отдельными авиабилетами: Аэрофлотом до Стамбула и продолжить полет Туркиш Эйрланс в Европу (Малага)?

Про этот год не скажу, раньше таких ограничений не было.

Можно. Вам просто придется заложить время на выход с самолёта, паспортный контроль (печать), получение багажа, выход, регистрацию на следующий рейс и сдачу багажа, паспортный контроль(печать), предполетный досмотр. Это так навскидку по хорошему без бега - 2 часа если бывали в Стамбуле. Нет - 3. Да и любой форс мажор - на вас. Если первый рейс задержится - это ваша проблема. Транзитом вам не пришлось бы таскаться туда-сюда.