Подскажите, пожалуйста, что лучше: прилететь в Манилу или Себу?

У вас слишком много взаимоисключающих параграфов в запросе. Хорошие пляжи - далеко от аэропорта, как и дешевле жилье, что логично. Если хочется все рядом и хорошее - будет не дёшево. Плюс Филиппины - островное государство в самом прямом смысле слова, самые хорошие места раскиданы по островам и без самолёта/парома вы туда не доберётесь. Если прям чтобы не лететь ни в коем случае - лучше Себу, чем Манила, ближе ехать. Можно выбраться в Моалбоал, или на Бантаян, Малапаскуа (небольшие острова, на которые короткие переправы на пароме с острова Себу) Ну либо с Лузона (где Манила) на Миндоро, тоже автобусом и короткая переправа на пароме.

Моалбоал... Каждый день можно нырять вдоль кораллового рифа, смотреть на танец косяков сардин и созерцать больших морских черепах.