Заканчивается 3х месячная виза в Бразилии, есть ли смысл продлевать сейчас ещё на три(заморачиваться) если по истечении 6ти месяцев всё равно останусь не легально?

Имеет смысл. Может быть за три продленных месяца у вас какие-то решения появятся, что делать: попробовать закрепиться в Бразилии другим образом или покинуть её.

Думаю смысла нет, если будете оставаться на длительный срок, максимальный штраф 10к.