А если заехать в Армению по внутреннему паспорту, по заграну получится выехать?

Лучше не рисковать сразу по заграну заехать.

Эти паспорта имеют равное юридическое значение, всё равно.

С логической точки зрения - конечно можно будет, т. к. например в случае утери паспорта, вне территории РФ внутренний паспорт невозможно получить (только загран через консульство), в любом случае рекомендую обратиться в консульство РФ для уточнения.